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Il paper introduce SBayesCO, un framework bayesiano che migliora la previsione poligenica dei tratti complessi integrando i dati dei QTL molecolari e degli studi di associazione genome-wide (GWAS) attraverso una modellazione congiunta degli effetti genetici.
Il paper presenta XMR, un nuovo metodo di randomizzazione mendeliana che sfrutta statistiche GWAS da biobanche globali per migliorare l'inferenza causale nelle popolazioni sottorappresentate, aumentando la potenza statistica e identificando relazioni causali specifiche per gruppi etnici come asiatici orientali, asiatici centro-meridionali e africani.
Questo studio analizza otto anni di dati clinici su quasi 10.000 pazienti, rivelando che i test genetici negli adulti hanno un alto rendimento diagnostico (24% complessivo, fino al 40% con l'esoma), influenzato da età, indicazione clinica e fattori operativi, fornendo così evidenze cruciali per ottimizzare la medicina genomica nella pratica clinica quotidiana.
Questo studio dimostra che l'attività potenziata del fattore di trascrizione virale EBNA2 nelle cellule B trasformate da Epstein-Barr di pazienti con sclerosi multipla altera l'espressione genica e l'accessibilità della cromatina in modo dipendente dalla malattia, rivelando un meccanismo molecolare chiave attraverso cui il virus interagisce con i fattori di rischio genetici dell'ospite per contribuire alla patogenesi della sclerosi multipla.
Uno studio di randomizzazione mendeliana dimostra che l'inibizione genetica della sintesi dell'angiotensinogeno è associata a una riduzione significativa del rischio di malattie cardiovascolari e a un profilo di sicurezza favorevole, supportando il potenziale terapeutico di nuovi farmaci che prendono di mira questa via.
Questo studio integra mappatura fine, saggi reporter e screening CRISPRi per identificare varianti funzionali e ripetizioni tandem (VNTR) nel locus 5p15.33, rivelando come questi elementi regolino l'espressione di TERT e CLPTM1L attraverso il pathway Hippo, spiegando così la pleiotropia antagonista osservata nella suscettibilità al cancro.
Il paper presenta PanelAppRex, un dataset armonizzato e uno strumento di ricerca interattivo che aggrega oltre 58.000 associazioni gene-malattia per facilitare l'interpretazione delle varianti e l'integrazione nei flussi di lavoro bioinformatici attraverso query in linguaggio naturale e risultati machine-readable.
Questo studio dimostra che la sequenziamento HiFi a lettura lunga con input ultra-basso (ULI-HiFi) supera i metodi di amplificazione tradizionali, offrendo una rilevazione precisa di varianti genetiche in regioni complesse e rivelando un'espansione di ripetizioni tandem nel gene LIMD1 associata alla progressione del cancro colorettale in un paziente con poliposi adenomatosa familiare.
Il paper presenta "Gene Portals", un quadro di lavoro che integra dati clinici, funzionali e strutturali in basi di conoscenza multimodali centrate sui geni per standardizzare e automatizzare la classificazione delle varianti nelle malattie rare, come dimostrato dall'applicazione efficace su undici geni associati a disturbi dello sviluppo neurologico.
Utilizzando un vasto set di dati genomici reali e modelli di apprendimento automatico, gli autori hanno sviluppato un approccio scalabile che predice la patogenicità delle varianti BRCA1 e BRCA2, consentendo di classificare con successo una percentuale significativa di varianti precedentemente di significato incerto (VUS) integrando profili tumorali nei criteri diagnostici.
Questo studio presenta la prima libreria sterolomica basata sulla spettrometria di massa, generata tramite derivatizzazione con reattivo di Girard P, per facilitare la diagnosi e il monitoraggio di molteplici disturbi ereditari del metabolismo del colesterolo caratterizzati da sintomi aspecifici.
Lo studio dimostra che l'integrazione dei dati proteogenomici (pQTL) con le evidenze genetiche umane aumenta significativamente la probabilità di successo clinico dei farmaci, rendendo i candidati supportati da pQTL quasi due volte più propensi ad arrivare alla commercializzazione rispetto a quelli basati solo su evidenze genetiche.
Uno studio su una popolazione messicana ha rilevato che il variante genetico FTO rs9939609-A è significativamente associato a un controllo glicemico più povero nei pazienti con diabete di tipo 2, nonostante la terapia farmacologica.
Questo studio sfrutta le evidenze genetiche di quattro disturbi psichiatrici, integrando analisi genomiche, trascrittomiche e proteomiche, per identificare e dare priorità a nuovi bersagli farmacologici e opportunità di riproposizione di farmaci esistenti, con l'obiettivo di migliorare lo sviluppo di terapie e gli esiti clinici dei pazienti.
Il paper presenta FA-NIVA, un workflow automatizzato basato su Nextflow e Nanopore che integra l'analisi di varianti a singolo nucleotide e strutturali per migliorare l'accuratezza diagnostica e il phasing genetico nell'anemia di Fanconi.
Il modello MuAt2, basato su un'architettura Transformer addestrata su dati di sequenziamento del genoma intero, classifica con precisione i tipi e i sottotipi tumorali e migliora la stratificazione del rischio sfruttando i pattern delle varianti somatiche, offrendo un quadro interpretabile per la diagnosi e la prognosi del cancro.
Questo studio dimostra che l'integrazione di un nuovo punteggio di rischio poligenico "senza etichette" (framework 8 Billion) con il punteggio di calcio coronarico zero permette di identificare, in una coorte multietnica, sottogruppi di individui ad alto rischio genetico di sviluppare malattie coronariche, superando i limiti della sola valutazione per immagini e supportando decisioni terapeutiche più tempestive.
Gli autori descrivono una nuova configurazione genotipica chiamata "mosaicismo monoallelico clusterizzato" (cMoMa), identificata in gemelli affetti da un disturro neurosviluppativo legato all'HNRNPU, che suggerisce l'esistenza di un meccanismo di mutagenesi precedentemente sconosciuto basato sulla riparazione asimmetrica di un singolo evento mutazionale nelle cellule embrionali precoci.
Uno studio di genomica epidemiologica retrospettiva ha identificato un ceppo multidrogo-resistente di *Klebsiella pneumoniae* (ST39-KL62) come responsabile di un'epidemia ad alta mortalità di sepsi neonatale in un ospedale rurale del Gambia, tracciandone l'origine a sacchetti di fluidi endovenosi multiuso e confermandone la diffusione globale come clone ad alto rischio.
Nonostante la comorbilità fenotipica tra osteoartrite dell'anca e malattia di Alzheimer sia mediata dalla depressione, questo studio rivela che la predisposizione genetica all'osteoartrite dell'anca conferisce in realtà una robusta protezione neurovascolare contro la malattia di Alzheimer, suggerendo un antagonismo biologico nascosto nell'asse osso-cervello.